Sau khi chính quyền Trung Hoa Dân Quốc tuyên bố thành lập, chính phủ lâm thời Nam Kinh đã đặt phủ Tổng thống tại phủ Tổng đốc Lưỡng Giang trước kia. Sau khi Viên Thế Khải nhậm chức Đại tổng thống lâm thời, đã cho dời phủ Tổng thống về Bắc Kinh. Ban đầu phủ Tổng thống được đặt trong công thự của Bộ Lục quân và Bộ Hải quân trước đây của nhà Thanh. Sau đời về Phong Trạch Viên ở Trung Nam Hải và phủ Thuần Thân vương của nhà Thanh. Những năm sau đó, nơi đây đều được Chính phủ Bắc Dương sử dụng làm phủ Tổng thống cho đến khi Quốc dân Đảng chiếm được Bắc Kinh.

Năm 1917, Tôn Trung Sơn hợp tác với quân phiệt Trần Quýnh Minh, thành lập chính phủ quân sự Quảng Đông, giữ chức Đại nguyên soái Lục Hải quân. Phủ Đại nguyên soái ban đầu đặt ở Quan Âm sơn. Sau sự biến năm 1922, nơi này bị thiêu hủy. Tháng 3 năm 1923, Đại bản doanh Đại nguyên soái được đặt tại Xưởng cement Quảng Đông.

Sau khi Tôn Trung Sơn qua đời, phủ Đại nguyên soái cải tổ thành Quốc dân Chính phủ. Tháng 9 năm 1926 dời về Vũ Hán. Năm 1927, xảy ra sự kiện Ninh Hán phân liệt, bộ phận Quốc dân Chính phủ do Uông Tinh Vệ lãnh đạo vẫn ở lại Vũ Hán. Một bộ phận khác theo Tưởng Giới Thạch thành lập Quốc dân Chính phủ ờ Nam Kinh. Khi chiến tranh Trung Nhật nổ ra, Quốc dân Chính phủ Nam Kinh dời lên Trung Khánh cho đến hết chiến tranh lại dời về Nam Kinh.

Ngày 20 tháng 5 năm 1948, Tổng thống Tưởng Giới Thạch và Phó tổng thống Lý Tông Nhân tuyên bố nhậm chức chính thức theo Hiến pháp; cùng ngày, cơ quan quyền lực tối cao là Chính phủ Quốc dân cũng được cải tổ thành Phủ Tổng thống, trở thành cơ quan giúp việc cho Tổng thống, Phó tổng thống; đứng đầu là một Bí thư trưởng.

Năm 1949, chính quyền Trung Hoa Dân Quốc dời ra Đài Loan. Phủ Tổng đốc Đài Loan thời Nhật chiếm đóng được sử dụng làm Phủ Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc cho đến tận ngày nay.